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保育舍常見的疾病主要包括消化系統、呼吸系統、神經系統以及皮膚系統的疾病，其中豬瘟、豬藍耳病、豬偽狂犬病、豬圓環病毒病、豬流行性腹瀉、豬傳染性胃腸炎、大腸桿菌性腹瀉、水腫病、氣喘病、豬鏈球菌病、副豬嗜血桿菌病、回腸炎、附紅細胞體病等發病率較高，故做好各類疾病的預防和治療極為關鍵。
在消化系統疾病中，腹瀉的發病率較高，特別是在轉群后幾天內特別容易發生，一方面原因是大腸桿菌等病原微生物引起的，可以注射大腸桿菌疫苗進行預防，也可在飼料中添加抗生素，對大腸桿菌進行控制，同時為預防仔豬水腫病，每頭仔豬斷奶前可
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