豬結腸小袋蟲病可因宿主的種類、年齡、飼養管理條件、季節及其他因素而有很大的差異。
在一般情況下，蟲體對腸黏膜損害不大；但當宿主的消化功能紊亂，特別是并發有豬沙門氏菌感染時，蟲體可乘機侵入，破壞組織，造成潰瘍性腸炎。感染的部位主要在豬的結腸，其次是直腸和盲腸。
在我國南方地區，仔豬常發生本病。
病程有急性和慢性兩種類型，急性型多突然發病，可于2～3日發生死亡。慢性型可持續數周至數月。
患豬表現精神沉郁，食欲減退或廢絕，喜躺臥，有顫抖現象，體溫有時升高；腹瀉為最常見的癥狀，糞便先為半稀，后水瀉，帶有黏膜碎片和血液，并有惡臭。
重癥病豬可發生死亡。仔豬發病嚴重；成年豬常為帶蟲者，常常成為感染源。
