豬細小病毒感染可以依據臨診癥狀和流行病學做出初步診斷，一般認為，如果僅妊娠母豬發生流產、死胎、木乃伊胎、胎兒發育異常等繁殖障礙癥狀，同時有證據表明是傳染性疾病時，應考慮到豬細小病毒感染的可能，但是進一步確診必須進行實驗室診斷。
自從首次報道豬細小病毒病以來，國內外學者對該病的診斷方法進行了大量研究，從病毒分離鑒定、血凝及血凝抑制試驗、酶聯免疫吸附試驗、熒光抗體試驗、乳膠凝集試驗等，到核酸探針、聚合酶鏈式反應(PCR)等，但是各種診斷方法各有利弊，其中血凝及血凝抑制試驗已經得到了國內外學者的普通認可，在臨診檢測中被廣泛應用。
病毒分離和鑒定是直接檢測病原，其用于診斷的最大優點是結果準確可靠，可以作為最后確診，但是檢測結果常受胎兒死亡時間的影響。
一般用于檢測該病的病料為流產或死產胎兒的新鮮臟器(如腦、腎、肝、肺、睪丸、胎盤及腸系膜淋巴結等)，其中以腸系膜淋巴結和肝臟的分離率最高。
間接免疫熒光技術是鑒定豬細小病毒病抗原可靠而又敏感的診斷技術。取胎豬組織制備冰凍切片，再與標準化試劑反應，在幾小時內可以完成試驗。免疫熒光抗體技術其有特異、敏感、快速、檢出率高的特點，是實驗室進行病毒分離鑒定常用的輔助方法。
在豬細小病毒的血清學診斷方法中，血凝抑制(HI)試驗是檢測豬細小病毒抗體最常用的方法，一般采用試管法或微量法。該方法相對比較簡單、方便，靈敏度也較高，不過在該方法操作中，需要對待檢血清進行熱滅活處理，然后用紅細胞泥吸附，以除去血清中的非特異性血凝素，進而用高嶺土吸附以除去或減少血清中非特異性血凝抑制因子。 imuyi.com
影響血細胞凝集的因素有：試驗溫度、紅細胞種類、供血動物的年齡等。近些年，建立了檢測PPV血清抗體的乳膠凝集診斷方法，致敏的乳膠抗原與PPV陽性血清反應，可以產生肉眼可見的凝集顆粒，其特異性較高，具有簡便、快速、經濟等優點，尤其適合于臨診上的現場檢測和該病的早期定性診斷，被許多學者譽為“傻瓜技術”。
核酸探針技術是一種分子水平的檢測技術，具有快速、敏感、特異性強等特點，特別適用于疾病的早期診斷和類癥鑒別診斷，是近二十年來應用較多的一項診斷技術，適宜于實驗室進行豬細小病毒感染的診斷。但該方法的技術含量高，只能在專業實驗室應用，不適合大面積臨診診斷和現場應用。
豬細小病毒病應與流行性乙型腦炎、偽狂犬病、豬繁殖與呼吸障礙綜合征、慢性非典型豬瘟、衣原體感染、豬布氏桿菌病等疾病進行鑒別區分。
