肉眼可見的病理損傷變化很大，常見的變化包括肺臟腫脹，間質增寬，質度堅硬或似橡皮，其上散在有大小不等的褐色實變區，質部散在或彌漫性分布白色壞死灶，大小由正常到顯著擴大和腫脹。
脾實變區可在肺臟的前下緣融合成片。全身淋巴結，特別是腹股溝、縱隔、肺門和腸系膜淋巴結顯著腫大，切面為灰黃色，或有出血。腎臟灰白，脾臟輕度腫脹。肝臟可能有中等程度的黃疸和/或明顯萎縮伴有肝小葉融合。
胃腸道有時呈現不同程度的損傷，胃的食管部黏膜蒼白、水腫和非出血性潰瘍，腸道尤其是回腸和結腸段腸壁變薄，腸管內液體充盈。繼發細菌感染的病例可出現相應疾病的病理變化，如胸膜炎、心包炎、腹膜炎、關節炎等。
豬皮炎與腎病綜合征的病例在豬的后肢和會陰部，乃至全身出現明顯的壞死性皮炎；腎臟蒼白、極度腫脹，皮質部有出血或淤血斑點。
豬斷奶后多系統衰竭綜合征在疾病早期階段，組織病理學變化表觀為肺呈現局灶或彌散性間質性肺炎，慢性感染豬出現肉芽腫性間性肺炎灶，灶中可見許多巨細胞和多核合胞體細胞。淋巴細胞和組織細胞浸潤到所有肺小葉。淋巴結、脾臟和扁桃體可見B細胞濾泡消失，T細胞區域可能被組織細胞和多核細胞所擴張；B細胞依賴區域單核細胞內多見的嗜堿性細胞漿內包涵體可見于疾病早期；淋巴結可出現多灶性凝固性壞死，壞死細胞內出現嗜酸性核內包涵體。腎臟、肝臟和胰腺等也出現不同程度的淋巴細胞浸潤、實質細胞變性等。
