豬衣原體病的潛伏期長短不一，短則幾天，長則可達數周乃至數月。依據臨診表現，可分為流產型、肺炎型、關節炎型和腸炎型等。
懷孕母豬感染后引起早產、死胎、流產、胎衣不下、不孕癥及產下弱仔或木乃伊胎。
初產母豬發病率高，一般可達40%～90%，早產多發生在臨產前幾周(妊娠100～104天)發生，妊娠中期(50～80天)的母豬也可發生流產。
母豬流產前一般無任何表現，體溫正常，也有的表現出體溫升高(39.5～41、5℃)。產出仔豬部分或全部死亡，活仔多體弱、初生重小、拱奶無力，多數在出生后數小時至1～2日死亡，死亡率有時高達70%。
公豬生殖系統感染，可出現睪丸炎、附睪炎、尿道炎等生殖道疾病，有時伴有慢性肺炎。
仔豬還會表現出腸炎、多發性關節炎、結膜炎，斷奶前后?；贾夤苎?、胸膜炎和心包炎。表現為體溫升高、食欲廢絕、精神沉郁、咳嗽、喘氣、腹瀉、跛行、關節腫大，有的可出現神經癥狀。
