根據本病的流行病學、臨診特點和病理變化等可做出初步診斷，但確診需要進行實驗室診斷。
1、細菌學診斷
可采取病死豬的肝臟、脾臟、肺臟、排泄物、關節液、流產胎兒等病料。取病變組織涂片，采用姬姆薩染色或熒光抗體染色，能見到肝、脾、肺上有稀疏的衣原體。膀胱和胎盤涂片有時可見到大量衣原體及包涵體。病料經無菌處理后可接種雞胚或小鼠，剖檢可觀察到特征性的病理變化。
2、血清學試驗
血清學試驗有補體結合反應(CF)、血凝抑制試驗(HI)、團集補體吸收試驗(CCA)、毛細血管凝集試驗(CTA)，瓊脂凝膠沉淀試驗(AGP)，間接血凝試驗(IHA)、免疫熒光及免疫酶試驗等。補體結合反應是國內最常用的經典方法。 imuyi.com
近年來，免疫酶聯染色法、Dot-ELISA、衣原體單克隆抗體、核酸雜交與核酸探針技術等也日益受到重視。
3、鑒別診斷
豬衣原體病應與一些引起繁殖障礙的疫病如豬瘟、豬繁殖與呼吸綜合征、流行性乙型腦炎、豬細小病毒感染、豬偽狂犬病、豬流感、布魯氏菌病、鉤端螺旋體病、弓形蟲病、附紅細胞體病以及其他病原和霉菌毒素所致的流產和繁殖障礙進行區別，還應注意與因飼養管理不良和營養缺乏引起的非傳染性繁殖障礙進行鑒別。
