潛伏期的長短與病毒的毒力、病毒量和豬對病毒感染的敏感性有關。豬水皰病的法定潛伏期為28天，但多數人工感染豬于感染后2～7天發病。臨診癥狀可分為典型、溫和型和亞臨診型(隱性感染)。
1、典型的水皰病，病豬常出現短暫的高熱(高達41℃)，早期癥狀為上皮蒼白腫脹，水皰首先出現于蹄冠和蹄踵的角質與皮膚結合處。
由于蹄部炎癥性疼痛呈現跛行，病豬多臥地不起，食欲廢絕。哄趕時，表現緊張、步態不穩、腰背弓彎，以致跪膝爬行。蹄冠和蹄叉部皮膚出現水皰，嚴重者可導致蹄殼脫落。5%～10%的發病豬鼻鏡上出現水皰，較蹄部水皰出現遲。
口腔內舌面、唇緣、齒齦和腭及乳頭部可發生水皰?？谇凰捑S持時間短暫，臨診上常見到的多為水皰破潰之后的潰瘍面。
可致懷孕母豬流產，但并非本病的特征癥狀。也有神經癥狀的病例，病豬興奮，以頭觸地，做轉圈運動，隨后發生輕癱、麻痹和死亡。
水皰破潰后豬的體溫也逐漸恢復正常，但蹄部潰瘍常需要2～3周才能愈合，愈合后在新舊蹄殼交界處留下一條明顯的褐色瘢痕線，直到新蹄殼取代舊蹄殼之前都存在，這為檢疫人員判斷豬是否患過豬水皰病提供了重要線索。
2、溫和型，少數豬出現水皰，病的傳播速度慢，癥狀輕微，往往不易覺察。
3、亞臨診型，病毒在豬體內增殖，但不造成臨診癥狀，亞臨診感染豬體內可產生高水平的中和抗體，并可向外界排毒，對易感豬有很大的危險性。
從總體上來說，豬水皰病臨診癥狀較口蹄疫輕微，臨診發病率、水皰發生部位數及大小、脫蹄的比率等都較小。
