單憑臨診癥狀不能區分豬水皰病、口蹄疫、豬水皰性疹和豬水皰性口炎。因此發現臨診癥狀后必須盡快進行實驗室確診。
1、生物學診斷
將病料分別接種1～2日齡和7～9日齡乳小鼠，如兩組小鼠均死亡者為口蹄疫；1～2日齡乳小鼠死亡，而7～9日齡乳小鼠不死亡者為豬水皰病。
病料經pH3.0～5.0緩沖液處理后，接種1～2日齡乳小鼠，死亡者為豬水皰病，反之為口蹄疫。一般接種途徑為腹腔、皮下或腦內接種，48h后出現漸進性運動神經麻痹，2～10天窒息死亡。
2、病毒分離鑒定
豬水皰病病毒主要存在于病豬的水皰液和水皰皮中，淋巴結與脊髓中的病毒含量也較高，而肌肉與內臟的含毒量很低。
因此，分離病毒應采集3～5頭病豬蹄部未破潰的水皰液1～2mL裝入滅菌的瓶內，加青霉素1000IU/mL、鏈霉素500IU/mL，不加保存液，冷藏待檢。通常主要采集新鮮的水皰皮3～5g，浸入pH7.6的含50%甘油的PBS緩沖液中，冷藏，迅速送至國家指定的參考實驗室進行病毒的分離鑒定。
鑒定時取出水皰液加青霉素和鏈霉素粉末以抑制細菌，若用水皰皮則需在研缽中剪碎、研磨，用pH7.6的PBS制成1:10懸液，加雙抗反復凍融2～3次，離心沉淀后取上清為病毒材料。
采用抗原捕獲ELISA方法進行水皰病病毒抗原檢測；如果結果不確定，則需要將病料接種敏感細胞，如IB-RS-2、原代牛甲狀腺細胞和原代或傳代牛腎細胞，這3種細胞對FMDV均很敏感，而SVDV僅對豬源細胞敏感。出現致細胞病變效應時，再用ELISA檢測SVDV病毒抗原，即可確定是否發生水皰病。
3、血清學診斷
血清學診斷方法一般用于常規的流行病學調查、免疫檢視和進出口檢疫。血清學診斷方法很多，包括雙向瓊脂擴散試驗、放射免疫擴散試驗、對流免疫電泳試驗、微量中種試驗和ELISA。
微量中和試驗和ELISA是最常用的方法。
微量中和試驗是公認的進行SVDV感染豬血清抗體檢測的標準方法，但需要2～3天的時間。有大約0.1%的未接觸病毒的臨診健康豬血清抗體可能為陽性。
5B7單克隆抗體競爭 ELISA(MAC-ELISA)是檢測SVDV感染豬血清抗體的一種可靠方法，大約有1%的健康豬血清抗體為可疑或陽性，這時需要采用微量中和試驗對這些血清樣本進行復檢，這些血清中一般會有10%為陽性。ELISA檢測為陽性，但微量中和試驗檢測為陰性的豬可以判為未感染，對血清抗體雙陽性的豬及其同群豬要采樣復檢。
由于豬水皰病臨診癥狀比較溫和，存在亞臨診或隱性感染豬，因而在采集血清樣本時，要同時采集可疑豬和同群健康豬的血清，檢測血清抗體的變化，這樣才能及時發現疫情。 imuyi.com
