豬流行性腹瀉在臨診癥狀、流行病學和病理變化等方面均與豬傳染性胃腸炎無明顯差異，只是豬流行性腹瀉死亡率較豬傳染性胃腸炎低，在豬群中傳播的速度也較緩慢些。
根據臨診癥狀、流行病學、病理變化進行確診是十分困難的，須進行實驗室診斷。
目前，診斷方法有免疫電鏡、免疫熒光、間接血凝試驗、ELISA、RT-PCR、中和試驗等，其中免疫熒光和ELISA是較常用的。
1、免疫熒光(immunofluorescence，IF) 用直接免疫熒光法(FAT)檢測豬流行性腹瀉病毒是可靠的特異性診斷方法，目前應用最為廣泛。
2、酶聯免疫吸附試驗(ELISA) ELISA最大的優點是可從糞便中直接檢查豬流行性腹瀉病毒抗原，目前應用也較為廣泛。 imuyi.com
