在發病豬群中，C型魏氏梭菌常存在于一部分母豬的腸道中，隨糞便排到體外，污染周圍環境。豬舍的地面、墊草、飼養管理用具和運動場，以及周圍的土壤、下水道等處存有此菌。
初生仔豬出生后很快接觸被污染的母豬體表和乳頭、泥土和墊草，將本菌芽孢吞入消化道內而感染發病。芽孢在豬體小腸中發芽繁殖，侵入絨毛上皮組織，沿基底膜繁殖擴散，并產生大量毒素，引起腸黏膜發炎、充血、出血或壞死。毒素通過腸壁吸收而引起毒血癥，致使仔豬發病和死亡。本菌還可侵入腸道漿膜下和腸系膜淋巴結中，引起炎癥，并產生氣體。
仔豬梭菌性腸炎主要發生在生后1～3天以內的仔豬，1周齡以上的很少發病。發病快，病程短，死亡率極高。在同一豬群各窩仔豬的發病率不完全相同，發病率最高可達100%，病死率50%～90%或以上。
品種和季節對發病無明顯影響，但以冬春兩季發病較多。
