1、癥狀診斷
仔豬紅痢的流行特點、癥狀和病理變化都很典型，不難做出診斷。
仔豬梭菌性腸炎主要發生在出生后3天內的仔豬，出血性下痢，發病急劇，病程短促，死亡率極高。
剖檢可見空腸段有出血性炎癥及壞死，腸漿膜下有小氣泡，腸腔內容物呈紅色并混雜小氣泡，這些都是本病診斷特征。
2、實驗室診斷
細菌學及毒素的檢查是實驗室診斷的可靠依據。
1、細菌形態檢查
用病變明顯的腸內容物涂片，革蘭氏染色后鏡檢，常見到大量的形態一致的革蘭氏陽性大桿菌，單個、兩個或短鏈，菌端整齊，其中一部分呈芽孢形態出現。
2、細菌的分離培養
主要從小腸內容物中分離細菌，內臟器官則不一定能分出細菌。少數病例能由肝、脾、心臟、血液、腸淋巴結、胸水、腹水及心包液等分離出細菌。
將腸內容物接種于厭氧肉肝湯培養基中，隔水加熱80℃(水鍋中)15～20min，然后置37℃培養24h，培養物呈均勻混濁，并有大量氣體產生。將培養物移種于葡萄糖血液瓊脂平板上，厭氧培養18～24h，可長出半透明、表面光滑、邊緣整齊的大菌落?？梢娋湫纬蓛葘油该?、外層不完全溶血的雙層溶血環；同時可見接觸空氣后的菌落變為綠色，是其特征。
3、生化試驗
取純培養物做生化試驗，生化特性見病原學部分。
4、腸內容物毒素檢查
取剛死亡的病豬空腸內容物，酌加1～2倍生理鹽水稀釋，混合均勻后，以每分鐘3000轉離心30～60min，用滅菌濾器過濾后，取濾液0.2～0.5mL，靜脈注射一組體重為18～22g小鼠。大部分小鼠可于5～lOmin內迅速死亡，這證明腸內容物中有毒素存在。也可取一份濾液60℃加熱30min后，分別靜脈注射家兔1～3mL，或小鼠0.1～0.3mL，加熱組試驗動物不發生死亡。
為證明毒素是否為C型產氣莢膜梭菌所產生，可在0.2～0.5mL腸內容物的濾液中，加入C型和D型魏氏梭菌抗毒素血清0.1mL做中和試驗，這種毒素即被C型魏氏梭菌中抗毒素中和，再靜注小鼠，則不引起死亡，而不能被D型魏氏梭菌抗毒素中和。證明死亡仔豬腸內容物中的有毒物質是C型魏氏梭菌產生的毒素，這種毒素不能被D型魏氏梭菌抗毒素中和。 imuyi.com
5、培養物中毒素檢查
將分純的細菌接種于肉肝胃消化湯中，培養18～20h，取培養物離心，取離心上清液0.1～0.2mL，靜脈注射10～20g小鼠，如果小鼠迅速死亡，可證明培養物中含有毒素，再按上段介紹的中和試驗鑒定菌型。
有必要時，也可進行血清學定型鑒定實驗來判定菌型。
