仔豬梭菌性腸炎不同病程的死亡仔豬，其病理變化基本相似，只是由于病程長短不一，病變的嚴重程度有差異。
典型的病理變化在空腸，有的可波及到回腸。剖開腹腔后，清楚地看到某一小腸段(多數在空腸)呈深紅至黑紫紅色，病變和正常腸段兩端界限明顯，剪開腸管可見腸腔內充有紅黃色或暗紅色內容物，其內混雜多量氣泡，腸黏膜潮紅、腫脹、出血，甚至出現灰黃色麩皮樣壞死。
病程稍長的病例，腸管以壞死性變化為主，腸管壁變厚，腸黏膜上附有黃色或灰色壞死假膜。有些病例在腸漿膜下及腸系膜內積有數量不等的小氣泡。腸系膜淋巴結腫大或出血。腹腔內有多量紅黃色積液。有的病例可見到胸水及心包液增多，心外膜出血。肝淤血或出血，色澤深淺不均，質較脆，脾臟邊緣和腎皮質部有小出血點。
提示：A型產氣莢膜梭菌引起的病理變化與C型菌引起的仔豬紅痢相比基本相似，但心包液、胸水、腹水未見明顯增多，腸系膜、漿膜上的氣泡較為少見，多為腸管充氣，頜下、胸腹部皮下有淺黃色膠凍樣浸潤或水腫。
