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尸體剖檢所觀察的特征是急性腸炎，局限于空腸和回腸，炎癥反應較輕，僅黏膜出現濁樣顆?；?，有的可見整個黏膜的嚴重壞死性腸炎。眼觀特征是黃色纖維素壞死性假膜松弛地附著在充血的黏膜上。乳糜的吸收隨病情的嚴重性而變化。
顯微鏡下檢查發現空腸和回腸的絨毛變短，約為正常長度的一半，其頂部可能有潰瘍與壞死。在有些病例，壞死遍及整個黏膜，球蟲內生發育階段的各型蟲體存在于絨毛的上皮細胞內，少見于結腸。在病程的后期，可能出現卵囊。
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