在腹瀉期間卵囊可能并不排出，因此糞便漂浮檢查卵囊對于豬球蟲病的診斷并無多大價值。
確定性診斷必須從待檢豬的空腸與回腸檢查出球蟲內生發育階段的蟲體。
各種類型的蟲體可以通過組織病理學檢查，或通過空腸和回腸壓片或涂片染色檢查而發現，后一種方法對于實際工作者來說是一種快速而又實用的方法。
用于血液涂片檢查的任何一種染色方法(如瑞氏、姬氏、新甲基藍)均能將新月型的裂殖子染成紫藍色。狄夫染色法也已用于涂片染色。雖然對腹瀉糞便可用漂浮法檢出卵囊，但最好的診斷方法是在小腸內查出內生發育階段的蟲體。
球蟲病必須區別于輪狀病毒感染、地方性傳染性胃腸炎、大腸桿菌病、梭菌性腸炎和類圓線蟲病。由于這些病可能與球蟲病同時發生，因此也要進行上述疾病的鑒別診斷。 imuyi.com
