豬球蟲病是由艾美耳屬(Eimeria)和等孢屬(Isospora)球蟲引起的。豬球蟲的生活史與其他動物的球蟲一樣，在宿主體內進行無性世代(裂殖生殖)和有性世代(配子生殖)兩個世代繁殖，在外界環境中進行孢子生殖。
卵囊隨糞便排到外界，剛排出的卵囊內含有一個單細胞的合子。在適宜的氧氣、濕度和溫度條件下，卵囊經孢子化發育至感染階段。當孢子化卵囊被豬吞入后，子孢子釋出，進入腸腔，鉆人腸上皮細胞，在上皮細胞內變成圓形滋養體。滋養體經裂殖生殖發育為裂殖體，裂殖體成熟后，每一個裂殖體含有許多裂殖子。當宿主細胞破壞崩解時，裂殖子從成熟的裂殖體釋出，進入腸腔。
當逸出的裂殖子侵入其他腸細胞，就可能發育形成新一代裂殖體或配子體。在進行了2～3代裂殖生殖之后便開始轉入配子生殖；裂體生殖的代數依球蟲的種類而定，但所有蟲種最終都要形成配子體。
有性階段的蟲體是大配子體和小配子體。大配子體積較大，通常在一個宿主細胞僅有一個大配子；而小配子體一般數量較少，但含有許多高度運動的、帶鞭毛的小配子，這種小配子相當于高等動物的精子。最終含有小配子體的宿主細胞崩解，小配子逸出，進入腸腔，進而鉆入含有大配子的腸細胞，使大配子受精。
受精后的合子形成卵囊壁，發育成為卵囊。當卵囊成熟后，宿主細胞崩解，卵囊進入腸腔，然后，未孢子化的卵囊隨糞便排出，在體外進行孢子生殖。
宿主細胞是由于裂殖生殖、配子生殖和卵囊釋放而遭受破壞。由于每一個裂殖體都含有大量的裂殖子，并可能發生幾代裂殖生殖，因此吞食的1個卵囊具有破壞數千或數百萬個腸細胞的能力。無性生殖的代數與裂殖體釋放裂殖子的數量，以及完成生活史所需要的時間均隨球蟲種類不同而有變化。由于每個蟲種的無性生殖的代數、產生裂殖子的數量，
以及潛在期均保持相對的穩定。故而，每一種球蟲具有破壞一定數量的宿主細胞的潛能。這也許就是有些球蟲種類比其他蟲種更具有致病性的一個原因。
