住肉孢子蟲有明顯的致病性。從住肉孢子蟲分離到的住肉孢子蟲毒素對家兔和小鼠的毒力很強，可引起肌細胞變性，肌束膜產生炎性反應。有人試驗，給小鼠注射含住肉孢子蟲的鮮肉勻漿，小鼠可在12h內發生死亡。
人工感染豬住肉孢子蟲試驗表明，
以低劑量1、5萬個孢子囊感染時，在臨診上未見明顯癥狀；
以2.5萬個孢子囊感染時，貓只呈現食欲不振和精神沉郁；
用5萬個感染時，體重下降11%～27%。
當用大劑量200萬～300萬個孢子囊感染時，患豬呈現呼吸困難、肌肉震顫、運動困難、耳部和頭部出現紫斑，并出現全身貧血、血細胞減少、血小板減少、血凝不良等癥狀，于感染后12～15天發生死亡。
當給妊娠3～15周的母豬感染200萬～800萬個孢子囊后，孕豬出現厭食、發熱、肢體僵硬、運動困難等嚴重的臨診癥狀，感染豬于9～14天發生流產并死亡。
