1、生前診斷
嚴重時可出現貧血、淋巴結腫脹、消瘦等一系列臨診癥狀，但因無特異性而難以確診。
2、病理剖檢
在肌肉組織中發現特異性包囊即可確診。肉眼可見到與肌纖維平行的白色帶狀包囊。制作涂片時可取病變肌肉組織壓碎，在顯微鏡下檢查香蕉形的慢殖子，也可用姬氏液染色后觀察。做切片時，可見到住肉孢子蟲包囊壁上有輻射狀棘突，包囊中有中隔。
3、免疫學診斷 imuyi.com
其方法有間接血凝試驗(IHA)、酶聯免疫吸附試驗(ELISA)和瓊脂擴散試驗等。
有人試用枯氏住肉孢子蟲作抗原進行IHA診斷牛住肉孢子蟲病，血清滴度超過1：162認為是特異性的。感染90天血清滴度可高達1：39000。
