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對住肉孢子蟲病的治療尚處于探索階段。有人報道使用常山酮、土霉素、氨丙啉、莫能菌素等抗球蟲藥治療有一定的療效。
由于目前尚無特效的治療藥物，對該病的預防顯得尤為重要。預防的關鍵是切斷住肉孢子蟲的傳染途徑。
嚴禁犬、貓及其他肉食獸接近豬場，避免其糞便污染飼料和水源。
各屠宰場和獸醫站均應做好肉品的衛生檢驗工作，對帶蟲肉品必須進行無害化處理；嚴禁用生肉喂犬、貓等終末宿主；
因人也可能感染住肉孢子蟲病，故應注意個人的飲食衛生，不吃生的或未煮熟的肉品。
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