豬輪狀病毒的致病性可用悉生豬和未吃初乳的新生仔豬模型加以證實。非免疫的悉生豬或未食初乳的新生仔豬喂以流體飼料并接種豬輪狀病毒可復制出臨診發病。
1～5齡仔豬發病最嚴重，潛伏期12～24h。病初出現精神不振，食欲不良，偶爾發生嘔吐。隨后發生嚴重水瀉并持續3～5天，糞便呈黃色到白色，帶有數量不等的絮狀物，之后經7～14天逐漸恢復正常。
病豬發生嚴重脫水并可能在腹瀉暴發2～5天后死亡，死亡率可達50%～100%；7～21日齡接種豬臨診癥狀(腹瀉和脫水)不太嚴重，28日齡時接種豬僅發生1～1、5天的短暫腹瀉。死亡率隨接種年齡的增大而降低。
自然感染導致輪狀病毒性腹瀉，常發生于7～14日齡的哺乳仔豬或斷奶后7天內的仔豬。仔豬發病日齡在特定豬群中往往較為一致。癥狀與人工發病相似，腹瀉是本病的主要癥狀。糞便呈黃白、黃綠色或暗黑，水樣或糊樣，嚴重者帶有黏液和血液。腹瀉3～4天后，部分病例出現嚴重脫水并死亡。
哺乳仔豬自然感染輪狀病毒往往只出現較輕微的臨診癥狀，這可能與母源抗體保護有關。斷奶仔豬腹瀉綜合征危害嚴重，所致死亡率可達10%～50%。 imuyi.com
雖然輪狀病毒感染被認為是主要病因，傳染性胃腸炎病毒或溶血性腸毒素型大腸桿菌常常并發感染。
人工接種試驗發現，單獨接種輪狀病毒或溶血性大腸桿菌，只引起斷奶仔豬短暫的輕度腹瀉甚至呈亞臨診表現；但如果先接種輪狀病毒再接種溶血性大腸桿菌，則可發生類似自然病例的持續性嚴重腹瀉。
