肉眼可見尸體脫水明顯，主要病變在胃和小腸。哺乳仔豬的胃常脹滿，滯留有未消化的凝乳塊。
3日齡小豬中，約50%在胃橫膈膜憩室部黏膜下有出血斑，胃底部黏膜充血或不同程度的出血，小腸內充滿白色或黃綠色液體，含有泡沫和未消化的小乳塊，腸壁變薄而無彈性，腸管擴張呈半透明狀。
腸系膜出血，主要是腸絨毛萎縮引起的。腸上皮細胞脫落最早發生于腹瀉后2h，另外可見腸系膜充血，腸系膜淋巴結輕度或嚴重充血腫大，腸上皮細胞變性后呈扁平或方形的未成熟細胞。
將空腸縱向剪開，用生理鹽水將腸內容物沖掉，在玻璃平皿內鋪平，加入少量生理鹽水，在低倍顯微鏡下觀察，可見到空腸絨毛顯著縮短。
組織學檢查，黏膜上皮細胞變性、脫落。
