豬傳染性胃腸炎的診斷可根據臨診癥狀、流行病學及病理變化做出初步診斷。確診還須進行實驗室診斷。實驗室診斷方法主要有：
1、免疫熒光法
該法是最簡便和最常用的實驗室診斷方法。取腹瀉早期病豬空腸和回腸的刮削物做涂片，進行直接或間接熒光染色，然后用緩沖甘油封蓋，在熒光顯微鏡下檢查，可見上皮細胞及沿著絨毛的胞漿膜上呈現熒光者為陽性。此法快速，可在2～3h內出現結果。
2、RT-PCR快速診斷法
根據TGEV標準毒株的基因序列，設計合成一對引物，片段反轉錄聚合酶鏈反應(RT―PCR)技術對發病豬的糞便進行檢測，結果得到與預期大小相一致的PCR產物，則可證實該病毒為TGEV。
3、Dot-ELISA試驗
該方法可用于檢測糞便中的病毒抗原。
4、鑒別診斷需注意與以下幾種疫病的區別：
1、流行性腹瀉季節性較明顯，主要發生于寒冷季節，大小豬幾乎同時發生腹瀉，大豬在數日內可康復，乳豬有部分死亡。應用豬流行性腹瀉病毒的熒光抗體或免疫電鏡可檢測出豬流行性腹瀉病毒抗原或病毒。
2、豬痢疾2～3月齡多發，季節性不明顯，緩慢傳播，流行期長，易復發，發病率高，病死率低。大腸有卡他性出血性腸炎，纖維素滲出及黏膜表層壞死等，能分離或鏡檢出豬痢疾蛇形螺旋體。
3、仔豬副傷寒多呈地方流行性或散發，2～4月齡豬多發，無明顯季節性。急性型，初便秘，后下痢，惡臭血便。耳、腹及四肢皮膚呈深紅色，后期呈青紫色，慢性者反復下痢，糞便呈灰白、淡黃或暗綠色。盲腸及結腸潰瘍，并出現假膜。能分離出沙門氏菌，抗生素治療有一定療效。
4、仔豬黃痢和仔豬白痢兩者均由致病性大腸桿菌引起，流行特點、癥狀和病原都不相同，還可通過細菌分離加以鑒別。
另外，由于豬流行性腹瀉病毒(PEDV)、豬傳染性胃腸炎病毒(TGEV)和豬輪狀病毒(RV)是引起豬病毒性腹瀉最主要的3種病毒，臨診癥狀都是以腹瀉為主，很難區分。要鑒別診斷，用電鏡可以很容易區分冠狀病毒和輪狀病毒，但是不能區分RV和TGEV，同時電鏡檢查的成本較高，在生產中難以推廣。但用分子生物學技術，如cDNA探針、RT-PCR等可快速鑒別診斷以上3種病毒，病毒間無交叉反應。
