流行性乙型腦炎是一種自然疫源性疾病，原來傳播于無人居住地區的溫血動物，后來傳到人類，成為人和動物共患的一種傳染病。
乙腦病毒感染通常在動物間傳播和流行，自然界約有60多種動物可感染乙腦病毒。在自然情況下，在家畜中，馬、騾、驢、豬、牛、羊、雞、鴨、犬、貓及野鳥中都能感染本病。馬最易發病，豬、人次之，其他畜禽多為隱性感染。豬是乙型腦炎病毒最重要的自然增殖動物。
本病主要由帶毒媒介昆蟲的叮咬傳播，當蚊蟲叮咬病人及隱性感染和病毒血癥期(血液中可帶毒3～7天)的動物時，病毒即隨血液進入蚊體，此蚊再叮咬健康的動物和人體，則引起病毒的傳播。
幾乎按蚊屬、庫蚊屬、伊蚊屬的各種蚊以及庫蠓等均能傳染，其中尤以三帶喙庫蚊為本病的主要傳染媒介，病毒在其體內可迅速增至5萬～10萬倍。從該蚊分離到的病毒最多，約占96%，自然感染率也高。感染本病毒的蚊子終身具有傳染性，并能隨雌蚊越冬，經蟲卵傳代。
因此，帶毒越冬蚊能成為次年感染動物和人的來源，所以，媒介蚊蟲不僅是本病的傳播媒介，也是乙腦病毒的長期儲存宿主。這樣，可使病毒在流行地區延續下去。 imuyi.com
此外，有人在福建、廣東、云南等地從一種叫“蠛蠓”的蠓蟲體內也分離出乙腦病毒。在這些地區，蠛蠓的密度比蚊子還要高，其活動季節、吸血特性和乙腦流行一致，也是乙腦的傳播媒介。
人和動物感染病毒后，絕大多數是無癥狀的隱性感染，血清中有中和抗體、補體結合抗體和血細胞凝集抗體，可以通過血清學反應的方法檢查出來。
據本病流行地區的調查，人、馬、騾、牛、豬、犬、貓及雞的中和反應陽性率都很高。一次流行過后，豬的感染率達100%，馬、驢為94%，牛92%，狗64%，鴨、鵝和各種鳥類均可感染。
豬的感染最為普遍，豬感染后出現病毒血癥的時間較長，血液中的病毒含量較高，媒介蚊又喜吸其血，而且豬的飼養數量大、飼養期短、周轉也快，總是保持著大量新的易感豬群，容易通過豬-蚊-豬的循環，擴大病毒的傳播。所以，豬是本病毒的主要增殖宿主和主要傳染源。我國20世紀50年代從前蘇聯引入種豬時，曾將本病帶入。蚊蟲是乙腦的主要傳染媒介。
豬不分品種和性別均易感。豬的發病年齡多與性成熟有關，大多在6月齡左右發病。其特點是感染率高、發病率低(20%～30%)、死亡率低，常因并發癥死亡。絕大多數在病愈后不再復發，成為帶毒豬。新疫區發病率高、病情嚴重，以后逐年減輕，最后多呈無癥狀的帶毒豬。
豬流行性乙型腦炎的發生與媒介蚊蟲的孳生繁殖與活動特性有密切關系，因而構成本病的流行特點，即有嚴格的季節性。熱帶地區一年四季散在發生。亞熱帶和溫帶地區有嚴格的季節性，絕大多數集中于夏末秋初流行，一般是7～9月，約占全年發病數的80%～90%，10月明顯減少。但由于我國地域很大，南北方還略有差異，一般是南方(華南)提早1個月，6～7月；華北和東北推遲1個月，8～9月達到高峰。
