豬流行性乙型腦炎的診斷應根據流行病學、臨診癥狀、病理變化及實驗室檢查進行綜合分析，才能確診。
1、臨診癥狀及流行特點
豬流行性乙型腦炎有嚴格的季節性，根據我國不同地域稍有不同；一般來說，本病發生有一定的散在性。
妊娠母豬，特別是初產和自外地新引入的妊娠母豬發生流產，產出不同胚胎時期死亡的大小不一的木乃伊胎和死胎，或產弱胎，或產頭、腹水腫胎兒，或生后1～5天發生癲癇癥狀仔豬死亡等。
公豬發生睪丸腫大，多為一側性，就應懷疑是乙型腦炎。
2、病理學檢查
取大腦組織進行病理組織學檢查，可見非化膿性腦炎變化。
3、病毒分離
在流行初期，采取瀕死豬只腦組織或發熱期血液，進行雞胚卵黃囊接種，或給1～3日齡小鼠腦內接種，可分離到病毒。然后用抗乙腦標準血清進行中和試驗做病毒鑒定。
4、血清學診斷
在血清學診斷中，常用補體結合試驗、中和試驗、血凝抑制試驗、熒光抗體法、酶聯免疫吸附試驗、反向間接血凝試驗和免疫酶組化染色法等方法。需采取病初期和恢復期兩份血清，恢復期血清滴度升高4倍以上作為判定標準。 imuyi.com
可見，這些血清學方法只適用于回顧性診斷和流行病學調查，沒有早期診斷價值。因為本病發生初期，抗體滴度較低，加之本病多呈隱性感染(豬的感染率，可達100%)，或有的豬只注射過疫苗，血清學檢查時可能出現這些抗體而顯現為陽性。
5、鑒別診斷
布魯氏菌病與本病很相似。豬布魯氏菌病的體溫不高；流產大多發生于妊娠第3個月，多為死胎，少有木乃伊胎，胎盤出血明顯，表現有黃色滲出物覆蓋；子宮黏膜有粟粒大的化膿灶和干酪化小結節；公豬睪丸大多發生兩側腫大，副睪也腫脹，還有關節炎，特別是后肢；流行無明顯季節性；病理組織學檢查，沒有非化膿性腦炎變化。
豬細小病毒病多發生在第一胎母豬，有流產、死胎、木乃伊胎或產弱仔，無神經癥狀。全身癥狀也不明顯。
母豬發生偽狂犬病常出現流產、死胎及木乃伊胎；小豬有神經癥狀。
還需與豬繁殖和呼吸障礙綜合征、豬衣原體病、豬瘟等繁殖障礙性疾病區別。
