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因腦脊髓炎死亡的病豬剖檢可見腦膜水腫，腦膜和腦血管充血，心肌和骨骼肌稍有萎縮。其他臟器無肉眼可見變化。腸黏膜無特異性病變。
組織學病變主要分布于神經灰質中，脊髓腹角、小腦皮質、間腦等處最明顯。
其主要特征是神經細胞變性、壞死，有噬神經細胞結節形成，血管周圍淋巴細胞浸潤，形成淋巴細胞套。
早期主要侵害頸部脊髓，而后發展到胸、腰和尾部脊髓。大腦的病變較輕微。
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