豬支原體肺炎的潛伏期依受感染時氣候、飼養管理和豬只個體不同而有差異，一般平均在4～10天，有的更長，可達1個月以上。
豬支原體肺炎大多呈慢性經過，主要的臨診癥狀為咳嗽和氣喘，體溫、食欲和精神都無明顯變化，隨著病情的發展，其主要癥狀表現明顯和嚴重，因此，不宜將本病在臨診上分為急性、亞急性、慢性和隱性病型，這些病型?？呻S各種條件因素的影響而互相轉變，加重或減輕，很難截然劃分。
病的早期，病豬特別是小豬，主要癥狀就是咳嗽，在吃食、劇烈跑動、早晨出圈、夜間和天氣驟變時，發生最多，大多為單聲干咳。病豬體溫、精神、食欲都無明顯變化，此時常常被人們忽視。
病的中期，出現喘氣癥狀，腹部隨呼吸動作而有節奏的扇動，呈明顯的腹式呼吸，特別是在站立不動或靜臥時明顯，呼吸次數每分鐘為40～70次，甚至達到100次左右，小豬為多。一般情況下，病豬的精神、食欲和體溫也無多大變化。
病的后期，呼吸急促，呼吸次數增多。重病豬呈犬坐姿勢，張口呼吸或將嘴支于地面而喘息，表情十分痛苦，咳嗽次數少而沉弱，似有分泌物堵塞，難以咳出。聽診肺部有干性或濕性啰音，呼吸音似拉風箱樣。這時病豬精神委頓，食欲廢絕，體溫可能超過40.5℃，被毛粗亂，結膜發紺，怕冷，行走無力，最后可因衰竭窒息而死亡。
有其他繼發病時，病豬體溫升高、不食、腹瀉，全身情況惡化，并有繼發病的相應癥狀。
在初發病豬群，常病情急劇，1～2周左右死亡，但大多數是慢性經過，病程延續很長，2～3個月或半年，甚至1～2年以上。
所以，在一個豬場中，病母豬、公豬和肥豬，除了不明顯的咳嗽和氣喘癥狀外，呼吸、體溫、食欲和精神等全身狀況都無明顯的變化。公豬照常配種，母豬仍然正常發情、受孕和產仔，肥豬仍可肥育增重，只不過生長速度略受影響，
我們曾見到病狀已消失的肥豬，在屠宰時肺部仍有典型氣喘病病變。當飼養管理不良、氣候突變或飼料驟然更換時，病豬可出現咳嗽加重、呼吸急促、氣喘明顯、食欲減少或廢絕、體溫增高、精神不振等全身癥狀，如能及時改進飼養管理，或應用抗生素、磺胺類藥物及其他對癥治療，可使病豬臨診癥狀暫時消退，似已恢復健康。
仔豬則有所不同，一般是發病急、病情加重、死亡率高，特別是斷奶前后，15kg以內的小豬。病期較長的小豬，被毛粗亂，消瘦而衰弱，生長發育緩慢或停滯，常成為“侏儒豬”(俗稱小老頭豬)。在改善飼養管理條件下，病仔豬體重如能超過20kg以上，?？芍饾u健康成長而育肥。
