豬藍耳病的潛伏期差異較大，引入感染豬后易感豬群發生豬繁殖與呼吸綜合征病的潛伏期，最短為3天，最長為37天。
豬藍耳病的臨診癥狀變化很大，且受病毒株、免疫狀態及飼養管理因素和環境條件的影響。低毒株可引起豬群無臨診癥狀的流行，而強毒株能夠引起嚴重的臨診疾病。臨診上可分為急性型、慢性型、亞臨診型等。
1、急性型
發病母豬主要表現為精神沉郁、食欲減少或廢絕、發熱，出現不同程度的呼吸困難。妊娠后期(105～107天)母豬發生流產、早產，產死胎、胎兒木乃伊化，產弱仔。母豬流產率可達50%～70%，死產率可達35%以上，木乃伊可達25%，部分新生仔豬表現呼吸困難、運動失調及輕癱等癥狀，產后1周內死亡率明顯增高(40%～80%)。少數母豬表現為產后無乳、胎衣停滯及陰道分泌物增多。
1月齡仔豬表現出典型的呼吸道癥狀，呼吸困難，有時呈腹式呼吸，食欲減退或廢絕，體溫升高至40℃以上，腹瀉。被毛粗亂，共濟失調，漸進性消瘦，眼瞼水腫。少部分仔豬可見耳部、體表皮膚發紫。斷奶前仔豬死亡率可達80%～100%，斷奶后仔豬的增重降低，日增重可下降50%～75%，死亡率升高(10%～25%)。耐過豬生長緩慢，易繼發其他疾病。
生長豬和育肥豬僅表現出輕度的臨診癥狀，有不同程度的呼吸系統癥狀。少數病例可表現出咳嗽及雙耳背面、邊緣、腹部及尾部皮膚出現一過性的深紫色。感染豬易發生繼發感染，并出現相應癥狀。
種公豬的發病率較低，主要表現為一般性的臨診癥狀，但公豬的精液品質下降，精子出現畸形，精液可帶毒。
2、慢性型
這是目前在規?；i場的豬繁殖與呼吸綜合征表現的主要形式。主要表現為豬群的生產性能下降、生長緩慢，母豬群的繁殖性能下降，豬群免疫功能下降，易繼發感染其他細菌性和病毒性疾病。豬群的呼吸道疾病(如支原體感染、傳染性胸膜肺炎、鏈球菌病、附紅細胞體病)發病率上升。
3、亞臨診型
感染豬不發病，表現為豬繁殖與呼吸綜合征病毒的持續性感染，豬群的血清學抗體陽性，陽性率一般在10%～88%。
